Cùng với sự ra đời của giai cấp công nhân và tổ chức Công đoàn Việt Nam, Công đoàn Viên chức xuất hiện ở Việt Nam từ những năm đầu thế kỷ XX dưới hình thức các hội, đoàn (Hội Ái hữu Viên chức ngành lục lộ Bắc Kỳ, Hội Trí tri của trí thức, Hội Quan nhạ của nghệ nhân, Hội Hợp thiện của Viên chức nghèo, Hội Ái hữu thời kỳ Mặt trận Dân chủ (1936-1939). Trong kháng chiến chống thực dân Pháp, sau Đại hội Công đoàn Việt Nam lần thứ nhất, năm 1950 có Ban vận động thành lập Công đoàn Viên chức Việt Nam, Công đoàn các cơ quan Chính phủ. Sau hòa bình (1954) có liên hiệp Công đoàn các cơ quan Trung ương (1957-1978)).
Trên thế giới, Công đoàn Viên chức ra đời sớm hơn, từ khoảng thế kỷ XVII - XVIII. Hiện có hơn 80% số nước trên thế giới có Công đoàn Viên chức. Các tổ chức Công đoàn Viên chức quốc tế lớn nhất là: Trade Unions International of Public and Allied Employees - TUIPAE); Public Service International - PSI có tới hàng triệu đoàn viên tham gia.
Công đoàn Viên chức Việt Nam ra đời không chỉ trên cơ sở các tổ chức tiền thân, trong xu thế chung của phong trào công nhân công đoàn quốc tế mà còn dựa trên những cơ sở thực tiễn hết sức quan trọng. Thực hiện Nghị quyết của Ban Chấp hành Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam (khóa VII), ngày 02/10/1993, Đoàn Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam đã ra Quyết định số 1225/QĐ-TLĐ về việc cử Tiến sỹ Đinh Văn Phiêu, trợ lý Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam làm Trưởng Ban vận động thành lập Công đoàn Viên chức Việt Nam. Kể từ khi chính thức hoạt động (tháng 12/1993), Ban vận động đã tiến hành nhiều hoạt động khẩn trương, thiết thực và có hiệu quả, trong đó có những đợt thăm dò ý kiến các nhà khoa học, các cán bộ lão thành của Tổng Liên đoàn, các cán bộ công đoàn cơ sở, các công đoàn bộ, ban, ngành Trung ương; tổ chức các cuộc hội thảo khoa học tại Hà Nội và nhiều địa phương…nhằm xây dựng đề án thành lập Công đoàn Viên chức Việt Nam có căn cứ khoa học và thực tiễn trình Đoàn Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam.
Sau 6 tháng hoạt động tích cực, ngày 19/5/1994, Ban vận động thành lập Công đoàn Viên chức Việt Nam đã có tờ trình và đề án về việc thành lập Công đoàn Viên chức Việt Nam. Tờ trình nêu rõ: “Đến nay, việc thành lập Công đoàn Viên chức Việt Nam là cần thiết, đáp ứng được yêu cầu, nguyện vọng của công chức, viên chức nước ta, được các cấp công đoàn, các cơ quan Đảng, Nhà nước đồng tình ủng hộ và đây cũng là việc làm để thực hiện Nghị quyết Đại hội VII Công đoàn Việt Nam là phải phát triển công đoàn ngành, nghề theo đúng Điều lệ Công đoàn Việt Nam; đồng thời Công đoàn Viên chức ở một số nước và Công đoàn quốc tế cũng tỏ thái độ sẵn sàng quan hệ hợp tác”.
Ngày 02/7/1994, Đoàn Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam đã có Quyết định số 739/QĐ-TLĐ thành lập Công đoàn Viên chức Việt Nam. Theo Quyết định này, Công đoàn Viên chức Việt Nam trực thuộc Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, nhiệm vụ, quyền hạn thực hiện theo Điều lệ Công đoàn Việt Nam. Công đoàn Viên chức Việt Nam chỉ đạo trực tiếp công đoàn các cơ quan Nhà nước, Đảng, đoàn thể Trung ương đồng thời phối hợp với Liên đoàn Lao động tỉnh, thành phố thành lập và chỉ đạo Công đoàn Viên chức tỉnh, thành phố. Ban Chấp hành lâm thời Công đoàn Viên chức Việt Nam gồm 17 thành viên do Phó Giáo sư, Tiến sĩ Nguyễn An Lương – Phó Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam khóa VII làm Chủ tịch; Tiến sĩ Đinh Văn Phiêu làm Phó Chủ tịch thường trực; Tiến sĩ Nguyễn Trọng Điều làm Phó Chủ tịch.
Ngày 15/8/1994, tại Cung Văn hóa Lao động Hữu nghị Việt Xô (Hà Nội), lễ ra mắt Công đoàn Viên chức Việt Nam đã được tổ chức trọng thể. Dự lễ ra mắt có các đồng chí: Vũ Oanh - Ủy viên Bộ Chính trị; Phạm Thế Duyệt - Ủy viên Bộ Chính trị, Bí thư Thành ủy Hà Nội; Trương Mỹ Hoa – Bí thư Trung ương Đảng, Chủ tịch Hội Liên hiệp Phụ nữ Việt Nam; Nguyễn Văn Tư - Ủy viên Trung ương Đảng, Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam và đông đảo các vị đại biểu đại diện cho các bộ, ban, ngành, các hội, đoàn thể Trung ương, thành phố Hà Nội và một số địa phương, các cơ quan thông tấn báo chí, các ban chức năng của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam…
Sự ra đời của Công đoàn Viên chức Việt Nam đã đáp ứng yêu cầu của công cuộc đổi mới do Đảng khởi xướng, thực hiện chủ trương đa dạng hóa các hình thức tập hợp quần chúng mà Nghị quyết Đại hội Đảng lần VII đề ra; đồng thời thể hiện ý nguyện của đông đảo công chức, viên chức trên cả nước, cũng như các cấp công đoàn cơ sở, thể hiện sự lớn mạnh của phong trào công nhân, viên chức, lao động và Công đoàn Việt Nam. Đây cũng là một mốc son mới đánh dấu sự phát triển của quá trình hòa nhập giữa Công đoàn Việt Nam với các tổ chức công đoàn quốc tế nhằm tranh thủ sự ủng hộ của bè bạn đối với Việt Nam. Từ đây cái tên Công đoàn Viên chức Việt Nam (VPSU) đã xuất hiện và dần trở nên quen thuộc với bè bạn quốc tế, ngày 02/7 trở thành ngày đáng ghi nhớ của đội ngũ công chức, viên chức, lao động Việt Nam đã đi vào lịch sử của phong trào công nhân, viên chức, lao động và tổ chức Công đoàn Việt Nam.
Qua 25 năm xây dựng và phát triển với 05 kỳ Đại hội, Công đoàn Viên chức Việt Nam đã không ngừng phát triển đồng bộ với 2 hệ thống: Công đoàn Viên chức các bộ, ban, ngành, hội, đoàn thể Trung ương và Công đoàn Viên chức tỉnh, thành phố. Đến nay, Công đoàn Viên chức Việt Nam có 65 đơn vị trực thuộc (trong đó có 25 công đoàn cấp trên trực tiếp cơ sở và 40 công đoàn cơ sở) với gần 700 công đoàn cơ sở; số lượng đoàn viên của Công đoàn Viên chức Việt Nam đã tăng lên nhanh chóng, từ 2,2 vạn đoàn viên lúc mới thành lập (1994) đến nay đã lên tới gần 8,3 vạn đoàn viên; trong đó có 18 công đoàn cơ sở cơ quan đại diện của Việt Nam ở nước ngoài với hơn 200 đoàn viên; Hệ thống công đoàn viên chức tỉnh, thành phố phát triển nhanh từ 08 công đoàn viên chức tỉnh, thành phố khi mới thành lập, đến nay số công đoàn viên chức tỉnh, thành phố là 61 đơn vị với trên 3000 công đoàn cơ sở và trên 24 vạn đoàn viên.
Cùng với sự phát triển hệ thống tổ chức công đoàn viên chức các cấp, Công đoàn Viên chức Việt Nam cũng đã và đang mở rộng quan hệ hợp tác với công đoàn viên chức và phong trào công đoàn viên chức các khu vực và thế giới. Hiện nay Công đoàn Viên chức Việt Nam là thành viên của Công đoàn Viên chức Quốc tế (TUIPAE) thuộc Liên hiệp Công đoàn thế giới.
Từ khi thành lập đến nay, được sự quan tâm lãnh đạo, chỉ đạo của Đảng đoàn, Đoàn Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, sự phối hợp của các cấp ủy Đảng, các cấp chính quyền, cơ quan chuyên môn của các bộ, ban, ngành, các hội, đoàn thể Trung ương, Liên đoàn Lao động các tỉnh, thành phố; sự nỗ lực đoàn kết của Ban Chấp hành, Ban Thường vụ Công đoàn Viên chức Việt Nam qua các thời kỳ, của đội ngũ cán bộ công đoàn các cấp và của cả hệ thống Công đoàn Viên chức Việt Nam hoạt động của Công đoàn Viên chức Việt Nam đã không ngừng phát triển trên tất cả các lĩnh vực. Thực hiện phương châm đổi mới nội dung, phương pháp hoạt động, hướng mạnh về cơ sở; lấy phong trào hoạt động và xây dựng công đoàn cơ sở làm nền tảng, làm trọng tâm; lấy nhiệm vụ trọng tâm của Đảng, Nhà nước và Công đoàn trong từng giai đoạn làm mục tiêu tổ chức hoạt động, kết quả phong trào cán bộ, công chức, viên chức, lao động và hoạt động công đoàn trong thời gian qua của Công đoàn Viên chức Việt Nam qua đã góp phần quan trọng vào công cuộc đổi mới của đất nước và xây dựng tổ chức công đoàn vững mạnh.
Công đoàn Viên chức Việt Nam đã tổ chức một số phong trào lớn trong hệ thống như: Cuộc vận động xây dựng người cán bộ, công chức, viên chức “Trung thành, sáng tạo, tận tụy, gương mẫu” (năm 1999) nhằm xây dựng đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức “Vừa hồng, vừa chuyên”; Phong trào thi đua “Xây dựng cơ quan văn hóa và ngày làm việc 8 giờ có chất lượng, hiệu quả” (năm 2007); Phong trào thi đua thực hành tiết kiệm, cải cách hành chính, phòng chống tham nhũng, lãng phí; cùng với các phong trào thi đua lao động giỏi, lao động sáng tạo”; giỏi việc nước, đảm việc nhà; các hoạt động xã hội từ thiện; các hoạt động văn hóa, thể thao; đại diện chăm lo bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp, chính đáng của đoàn viên, CBCCVCLĐ; các chương trình phối hợp tuyên truyền pháp luật, vận động đoàn viên, cán bộ, công chức, viên chức và công đoàn các cấp tham gia thực hiện chương trình tổng thể cải cách hành chính….. Kết quả các phong trào trên đã góp phần vào việc động viên cán bộ, công chức, viên chức, lao động thi đua học tập, công tác tốt hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao góp phần hoàn thành tốt nhiệm vụ chính trị của cơ quan, đơn vị, góp phần xây dựng Đảng, xây dựng cơ quan, tổ chức Công đoàn trong sạch, vững mạnh.
Với những đóng góp to lớn của phong trào cán bộ, công chức, viên chức, lao động và phong trào công đoàn của Công đoàn Viên chức Việt Nam trong hơn 20 năm qua đã có nhiều tập thể, cá nhân được tặng danh hiệu thi đua và phần thưởng cao quý của Nhà nước, các ngành, các cấp và Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam. Công đoàn Viên chức Việt Nam được nhận Bằng khen và Cờ thi đua của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, Bằng khen và Cờ thi đua của Chính phủ; năm 2013 Công đoàn Viên chức Việt Nam được Chủ tịch nước tặng Huân chương Lao động hạng Nhất.